Dalam kiprahnya, Gagas Nusa Tenggara aktif merancang dan melaksanakan berbagai program, baik yang bersifat otonom maupun kolaborasi dengan para mitra / jaringan kerja. Mengingat sumber daya manusia yang dimiliki dengan berbagai latar belakang pendidikan, keahlian dan pengalaman serta realita akan ketertinggalan masyarakat Nusa Tenggara yang meliputi hampir seluruh aspek kehidupan, maka program yang dikembangkan oleh Gagas Nusa Tenggara tidak hanya terfokus pada suatu bidang tertentu saja. Program pemberdayaan masyarakat yang dilaksanakan meliputi bidang sosial, politik dan ekonomi, seperti: pengembangan industri kecil, pengembangan SDM, kesehatan, HAM, penyadaran hukum serta peningkatan kesadaran akan hak-hak sosial-politik dan lain sebagainya.

Dalam merancang program-programnya, Gagas Nusa Tenggara tidak bersifat eksklusif, namun justru aktif menggalang masukan dan peran serta dari berbagai pihak. Oleh sebab itu Gagas Nusa Tenggara aktif membina jaringan kerja sama dengan berbagai lembaga lainnya, baik untuk pertukaran gagasan maupun bantuan teknik dalam mengembangkan program yang bertujuan untuk kepentingan masyarakat. Demikian pula dalam implementasinya, kesempatan yang seluas-luasnya diberikan kepada masyarakat untuk ikut berpartisipasi.