Konsep pemberdayaan Gagas Nusa Tenggara adalah melalui partisipasi masyarakat dan kerja sama sukarela yang bertujuan untuk pengembangan masyarakat madani. Anggota masyarakat distimulir untuk belajar mengorganisir diri mereka untuk suatu perencanaan dan pelaksanaan, mendefinisikan kebutuhan dan problem mereka serta menentukan jalan yang hendak ditempuh untuk dapat memecahkan persoalan yang telah mereka definisikan.

Program pemberdayaan masyarakat oleh Gagas Nusa Tenggara adalah suatu proses sosial yang membantu masyarakat untuk menjadi lebih kompeten dalam memberdayakan sumber daya lokal, yakni diri mereka sendiri, dalam menghadapi berbagai persoalan sosial, politik dan ekonomi. Lebih jauh dapat dikatakan bahwa program-program Gagas Nusa Tenggara lahir sebagai jawaban atas kegagalan pendekatan yang bersifat otokratik, yakni program yang didiktekan dari atas. Kurangnya pemahaman akan kebutuhan masyarakat setempat adalah sumber kegagalan dalam berbagai program pembangunan yang dilaksanakan pemerintah. Sering kali terjadi di mana para birokrat menganggap bahwa kalkulasi mereka akan kebutuhan masyarakat identik dengan kebutuhan yang dirasakan oleh masyarakat. Hal ini merupakan kesalahan mendasar dari pola pembangunan terpusat yang menyebabkan timbulnya berbagai ketimpangan dan penghisapan.